Avionický systém Gripenu (FCS) je založen na počítačovém komplexu Ericson SDS-80. Komplex obsahuje několik počítačových jednotek D96/MACS, každou se třemi paralelně pracujícími procesory PowerPC 266MHz, 64MB RAM a 160MB disky. Vzájemně jsou tyto jednotky propojeny 5 oddělenými a zdvojenými (z důvodu redundance) sběrnicemi MIL-STD 1553B, pracujícími rychlostí 1Gb/s. Každá sběrnice má jinou úlohu: řízení vlastního letu (zelená), obsluha grafických procesorů (černá), zaměřování cílů a řízení sensorů (žlutá), komunikace (modrá) a řízení zbraní a HMS (červená). Řídící software je programován v jazyce Pascal-D80, doplněném o real-time utility v jazyce ADA. Všechny systémy Gripenu obsahují celkem asi 40 procesorů (toto číslo by se mělo snižovat postupnou modernizací systémů).

Většina výpočtů je prováděna v základním taktu 60Hz, některé procesy běží 120x až 240x za sekundu, jiné méně potřebné 24x, 12x, 8x, 4x nebo 1x za sekundu. Návrh systému je proveden tak, že snese bez problému zátěž procesorů až 95%. Počítačové systémy v principu nemohou být přetíženy, pouze v případě hardwarové chyby. Pokud se tak stane, zotavovací mechanismy systému omezují postupně v krocích zatížení FCS až k základnímu režimu, je li to třeba. I v tomto módu činnosti je letoun stále bezpečně ovladatelný.

Avioniku letounu může napájet 5 různých zdrojů. V normálním režimu je to 40kW hlavní generátor motoru. Lze však využít alternativní zdroje při výpadku kteréhokoli z nich a to jsou: 12kW záložní generátor v APU, FCS generátor, záložní baterie nebo nouzové termo-baterie s dobou chodu cca 9 minut.

Letoun snese i výpadek digitálního fly-by-wire, pokud se tak stane, jsou okamžitě odpojeny kachní plochy (zůstávají ve volně plovoucím stavu), letoun se stane stabilním a lze je dále ovládat analogovým řídícím systémem.

Digitální letový systém je stále ve vývoji a ani Gripenu se nevyhnuly havárie 2 prototypů, které byly obě způsobeny jeho nedokonalostí. Nutno však podotknout, že ani nejdokonalejší simulace nejsou schopny zmapovat veškeré režimy letové obálky a vyladění takového složitého komplexu je otázkou stovek letových hodin a několika let. Během Hradeckého CIAFu 1997 jsem měl možnost osobně mluvit s "display" pilotem, který mi nejen umožnil posadit se do kokpitu Gripena, ale sdělil mi mnoho zajímavých technických údajů o tomto letounu a mimo jiné i to, že i letové ukázky mají zatím omezenou letovou obálku kvůli probíhajícímu vývoji FCS, ale jistě bude rok od roku viditelný pokrok, což potvrdila i letová ukázka Gripenu na letošním CIAF 2002.