Návrh kokpitu a jeho systémů byl podřízen požadavku na maximální snížení zátěže pilota při náročných bojových operacích. Samozřejmostí je použití principu HOTAS (Hands On Throttle And Stick), kdy jsou hlavní řídící a ovládací prvky soustředěny na plynové páce a kniplu umožňujíce pilotovi ovládat např. zaměřování cílů a střelbu bez nutnosti přesouvat pohled a ruce jinam, takže jednak nerozptylují jeho pozornost a jsou výhodou např. při obratech s vysokými násobky G.

Kokpitu dominují tři velkoplošné (150x200 mm) barevné displeje s vysokým rozlišením. Vlevo se nachází FDD (Flight Data Display), který zobrazuje základní letové údaje a údaje o systémech letounu. V prostřední části je umístěn HSD (Horizontal Situation Display), který zobrazuje pilotovi na barevné mapě celkovou situaci na bojišti včetně jeho polohy a plánované trasy. Do zobrazovaných informací jsou samozřejmě promítány i údaje získané datalinkovým spojením z jiných pozemních nebo vzdušných průzkumných prostředků. Pilot tak může mít přehled o situaci i bez nutnosti zapínání vlastního radaru. Vpravo se pak nachází MSD (Multi Sensor Display), kde je integrovaná informace z radaru a ostatních senzorů letounu (FLIR apod.). Funkce všech tří displejů jsou vzájemně zaměnitelné. Nad palubní deskou je širokoúhlý (28x22º) HUD (Head Up Display), na kterém jsou soustředěny všechny důležité informace, jak letové, tak zbraňové i senzorové.

Přístrojové vybavení je přizpůsobeno tak aby neoslňovalo ani při použití NVG (Night Vision Glasses) - brýlí pro noční vidění. Přitom zabezpečuje vynikající čitelnost i při nepříznivých světelných podmínkách (např. slunce v zádech). Systém řízení zbraní je přizpůsoben i pro integraci přílbového zaměřovače, který výrazně zjednodušuje zaměřování zbraní a zefektivňuje pilotovu bojovou činnost.

Na středové  konzoli je umístěna řídící páka typu "joystick", pod pilotovou levou rukou je panel komunikace a ovládání datalinky. Nad ním je posuvná páka ovládání motorů, která v případě Gripenu nese spíše označení "páka ovládání systémů". Ovládá kromě motoru (posun vpřed a vzad) celkem 17 funkcí, např při pohybu pákou jako joystickem ovládá kurzor na MFD displejích a HUDu a slouží k zaměřování cílů a palbě. Díky umístění této páky je otvírání kabiny na pravé straně a kabina se otvírá neobvykle vlevo. Panel pod pravou rukou pilota pak obsahuje výstražný systém letounu včetně systémů vnitřní kontroly. Tento systém je schopen odesílat data i o stavu jednotlivých systémů letounu za letu na zem, takže pozemní personál může pro letoun vracející se z bojové mise včas připravit komponenty nebo bloky potřebné na výměnu a letoun tak stráví na zemi minimum času.

Bezpečnost pilota zajišťuje vystřelovací sedadlo Martin-Baker Mk.10LS zajišťující bezpečnou katapultáž:
- v rozmezí rychlostí 0 - 1150 km/h
- v rozmezí výšky 0 - 16 km
- od výšky 100 m výše při letu na zádech
- od výšky 700 m výše při střemhlavém letu
Překryt kabiny je při katapultáži rozlomen miniaturní detonační strunou, která je u místěna nad hlavou pilota a podél dolních okrajů kabiny. U dvousedadlové verze je jedno sedadlo vystřeleno mírně vpravo a druhé mírně vlevo kvůli bezpečnému oddělení pilotů a zamezení jejich srážce ve vzduchu.

Sedačka pilota je sklopena vzad o 27 stupňů pro zlepšení snášení vysokých násobků G.